Use somente o Asaas.
Quando você passar a emitir suas notas fiscais pelo Asaas, é necessário que você não emita mais notas fiscais de serviço por nenhum outro sistema ou site da prefeitura.
O Asaas controla automaticamente a geração dos RPS’s e do Número da nota e a emissão em outros sistemas podem gerar problemas na numeração das suas notas fiscais.